YouTubeの埋め込み動画は、z-indexの指定を無視してページの最前面にでてきますね。
ヘッダとかフッタとかを固定にしていると、そのさらに前面にでてきて非常にかっこ悪いです。
なので、z-indexで並び順を操作したいわけですけど、デフォルトではできません。

埋め込みタグがiframeになる前は、embedタグ内に「wmode=”transparent”」と記述すれば、cssからz-indexの指定が有効になりました。
なのですが、iframeの方だと、まぁうまくいかなわいわけですよ（当たり前ですが）。

そんなわけで、調べたところ。
iframeタグ内に、「frameborder=”0″ wmode=”Opaque”」を記述して、
srcのurlの後ろに「?wmode=transparent」を足してあげるとcssからのz-index指定有効になるようです。

ちなみに、ここ（Worlica）で使いました。